Os três governos estaduais já listaram as prioridades perante o governo federal: capacitação das vias férreas São Paulo-Rio e Rio-Belo Horizonte; construção de terminais intermodais em Queimados (RJ), Igarapé (MG), e Mooca (SP); melhoria dos acessos rodoviários aos portos de Santos, Rio e Itaguaí; e obras para eliminar conflitos entre linhas em centros urbanos, com a destinação de trilhos exclusivos para trens de carga que hoje dividem o trajeto com as linhas 7 e 10 da CPTM.